Prima della conquista degli Europei le isole Canarie erano abitate da diverse popolazioni berbere conosciute popolarmente come guanches (termine che, anche se faceva riferimento esclusivamente agli aborigeni dell'isola di Tenerife, si è esteso per denominare le antiche popolazioni di tutto l'arcipelago). Gli antichi abitanti si vestivano rozzamente con pelli, lavoravano l'argilla, raccoglievano frutti e le loro lance terminavano in affilate punte di pietra vulcanica.

Per quanto riguarda la popolazione delle isole, le teorie maggiormente accettate sono quelle che affermano che questi primi abitanti furono portati dai fenici o dai romani. Un'ipotesi afferma che tale popolazione è frutto di ondate migratorie dovute alla desertificazione del Sahara e alla pressione esercitata dall'Impero Romano sull'Africa del Nord.

Dopo la caduta dell'impero greco e di quello romano, l'arcipelago entrò in un letargo che durò per secoli e fu solo nel XIV secolo quando le isole furono riscoperte.

Quando i conquistatori spagnoli arrivarono sull'isola di Tenerife, essa era divisa in nove piccoli regni (menceyatos), ciascuno di essi governato da un monarca o mencey. Tenerife fu l'ultima tra le isole ad essere stata conquistata dopo una dura battaglia contro gli invasori. Un chiaro esempio fu la sconfitta di Adelantado Alonso Fernández de Lugo in La Matanza de Acentejo (1494). Nel 1496 termina la conquista di Tenerife e con essa, quella delle Canarie.

Durante il periodo della conquista Cristoforo Colombo approda a La Gomera proveniente da Palos, prima di proseguire il suo viaggio provvidenziale verso il nuovo continente. I canari hanno partecipato da allora attivamente come coloni alla fondazione di città come Montevideo o San Antonio (Texas).

La posizione strategica delle isole ha rappresentato un motivo per la loro contesa durante tutta la storia. Nel 1797 l'Ammiraglio Horacio Nelson provò a sbarcare a Santa Cruz de Tenerife ma fu sconfitto dal generale Gutiérrez e perse un braccio in battaglia.

Nel 1982 le isole Canarie diventarono una Regione Autonoma e nel 1986, venne integrata, come il resto dello Stato Spagnolo, all'Unione Europea con un modello differenziato.