Kanarian saarilla asui ennen eurooppalaisten valloitusta useita berberiyhteisöjä, joita kansanomaisesti kutsutaan guancheiksi (guanchi ¿nimitys tarkoitti tosin aikoinaan pelkästään Teneriffan alkuasukkaita, mutta on myöhemmin laajentut tarkoittamaan kaikkien saarten alkuperäisasukkaita). Saaren muinaiset asukkaat pukeutuivat eläinten nahkoihin, tekivät saviastioita ja harrastivat keräilytaloutta. Heidän keihäänsä kärjet olivat teräviä, ja ne oli valmistettu vulkaanisesta kiviaineksesta.

Saarten asuttamiseen liittyvistä teorioista nykyisin yleisimmin hyväksytyn käsityksen mukaan joko foinikialaiset tai roomalaiset toivat ensimmäiset asukkaat saarille. Toisen hypoteesin mukaan saarille suuntautui useita eri muuttoaaltoja Saharan aavikoitumisen seurauksena sekä Rooman imperiumin ulottaessa painostustaan Pohjois-Afrikkaan.

Kreikan ja Rooman imperiumien kaaduttua, Kanarian saaristo vaipui vuosisadoiksi unohduksiin, ja vasta 1400-luvulla saaret löydettiin uudelleen.

Espanjalaisten valloittajien saapuessa Teneriffalle saari oli jaettu yhdeksään pieneen kuningaskuntaan, menceyatoon, joista kutakin johti kuningas, mencey. Teneriffa vallattiin kaikkein viimeisimpänä ja saarella käytiin kovia taisteluita hyökkääjiä vastaan, mistä esimerkkinä oli kuninkaan käskynhaltijan Alonso Fernández de Lugon kärsimä raju tappio Matanza de Acentejossa 1494. Teneriffan ja samalla koko Kanarian saarten valloitus saatiin päätökseen vuonna 1496.

Kanarian saarten valloituksen ollessa vielä kesken Kristoffer Kolumbus pysähtyi La Gomeralla ennen matkaansa kohti uutta mannerta. Kanarian saariltakin lähti uudisasukkaita uuteen maailmaan, ja kanarialaiset ovat ollet mukana perustamassa mm. Montevideon ja San Antonion kaupunkeja.

Kanarian saaret joutuivat aikoinaan strategisen asemansa vuoksi usein kiistan kohteeksi. Vuonna 1797 Amiraali Horatio Nelson yritti nousta maihin Santa Cruzissa Teneriffalla, mutta kenraali Gutiérrezin onnistui lyödä hänet taistelussa, missä Nelson menetti oikean käsivartensa.

Vuonna 1982 Kanarian saarten alueesta tuli itsehallinollinen alue ja 1986 se liittyi muun Espanjan ohella Euroopan unioniin tietyin erityisehdoin.